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病毒性肝炎原本分為A型肝炎、B型肝炎、及非A非B型肝炎三大類。自從1989年發現C型肝炎之後，佔偶發型非A非B型肝炎一半以上的病例，已成為另一種主要的病毒性肝炎，雖說主要經由輸血或靜脈注射毒品藥物等體液傳染，卻仍有一部分病人找不到任何危險因子可以解釋其感染來源。在1990年以前血庫尚未有C型肝炎的篩檢，所以許多人因輸血或使用血液製劑而感染，開始C型肝炎篩檢後，輸血感染C型肝炎的比率才大幅下降。
臺安醫院小兒科醫師 方旭彬表示C型肝炎之所以可怕，在於其帶原率（10-20%）、慢性肝炎率（10-50%）、肝硬化率（5-10%）以及肝癌率（5-10%）都來得比B型肝炎嚴重。隨著B型肝炎疫苗的普及，台灣新生兒的B型肝炎垂直感染大幅下降，進而減少了慢性B型肝炎的帶原率；但是C型肝炎迄今尚無疫苗可用，更突顯其嚴重性。
除了青少年時期的性氾濫和共用針頭施打毒品會造成C型肝炎的感染外，目前兒童C型肝炎主要還是來自母子的垂直感染。一般懷孕母親罹患C型肝炎的盛行率約在1-2%，但是在某些盛行區域（如台南馬沙溝）、有HIV共同感染、長期或早期輸血、施打毒品等高危險群中，盛行率會比較高。在沒有HIV共同感染的C型肝炎懷孕母親當中，有平均5%的母子垂直感染率，如果有HIV病毒共同感染，則母子垂直感染率更高達15%。垂直感染可發生在胎內或生產前後，然而最重要的危險因素，主要取決於母親的免疫狀況和病毒量的多寡，例如媽媽在生產時有肝炎症狀，處於感染初期，有HIV病毒共同感染時，或者媽媽體內病毒量高、沒有抗體時，比較容易垂直傳染嬰兒；至於已經感染C型肝炎的時間長短與垂直感染的危險性並無直接關聯，第一胎與第二胎以後的嬰兒在感染機率上也沒有差異。
C型肝炎媽媽懷孕產檢時如果施行羊膜穿刺檢查，可能會使病毒傳染給胎兒的危險性增加；至於生產時破水時間長短是否和垂直感染有關目前仍有爭論；而法國的一項研究指出，經產道生產時使用產鉗會使垂直感染的機率提高三倍。一般的研究指出，大部分經產道生產的嬰兒垂直感染比剖腹產來得多，但是是否意味著剖腹產對於C型肝炎的垂直傳染有預防的效果仍有待證實，所以目前婦產科醫師對於沒有HIV共同感染的C型肝炎母親，並不會建議剖腹產，但對於有HIV共同感染的C型肝炎母親則建議剖腹產以降低HIV和C型肝炎的垂直感染。如果C型肝炎母親為無症狀或無HIV共同感染，仍然可以餵哺母乳；但如果是剛感染C型肝炎或有HIV共同感染，因為體內的病毒量較高連帶母乳中病毒量亦較高，則不建議餵哺母乳。
一般用來篩檢C型肝炎所測血清中的抗C 型肝炎抗體（Anti-HCV），會經由胎盤傳到嬰兒，所以在一歲半以前單測此抗體想確定是否從母體垂直感染到C型肝炎不是很可靠，一般建議在三個月大以後做一次C 型肝炎病毒RNA定量，在一歲半到兩歲再以抗C 型肝炎抗體或第二次病毒RNA定量確認小孩是否真被感染。不過C型肝炎從被感染到肝功能異常、肝硬化、甚至肝炎需要一段漫長的時間，垂直感染的小朋友必須要長期追蹤。
曾經有因為母親曾在17年前開刀輸血感染C型肝炎，出生後以病毒RNA定量確定被感染，另一個兩歲的姐姐也被感染，回頭檢查母親體內病毒量相當高，兩名子女雖沒有肝功能異常但必須長期追蹤，媽媽因有慢性肝炎也轉介給肝膽內科繼續追蹤，此事更突顯出兒童C型肝炎與母子垂直感染，將會是一個日益重要的課題，值得大家注意。
