(二)陰陽不分
西醫以科學為基礎，靠各種儀器檢驗分析診斷疾病，再加以治療或控制病情。而中醫的基礎是什麼？從<<黃帝內經>>所記載的內容分析，醫理等同於自然法則，例如「天有陰陽，人有十二節。天有寒暑，人有虛實。」、「天有五行御五位，人有五臟化五氣」、「天地之間，六合之內，其氣九州、九竅、五臟十二節，皆通乎天氣。」，而自然法則總以言之就是天地陰陽變化的道理。
陰陽應象大論篇云：「陰陽者天地之道也，萬物之綱紀也，變化之父母，生殺之本始。」所以中醫的一切醫理全都建構在陰陽之道上，身為一個中醫師，對陰陽理論了解得越透徹，醫術才能發揮得越精深，在陰陽的變化中只要有一個環節出現錯誤，論病診斷上就會一步錯步步錯了。
要說現代中醫所犯的最大過失是陰陽不分，此話聽起來可笑，其中最明顯就是不分男女，雖然在某些特有的疾病上(婦女病或男人隱疾)有用藥的分別，其餘不論是把脈或針灸經穴，都是同病同治，自古以來，大概只有方老師研究的「十二經陰陽氣脈病理療法」，清楚的以陰陽理論，將經穴治療法細分成男女、上下、左右、虛實各有不同的治法，連他獨創的六部十八候把脈技法都有男女的分別。
內經中關於陰陽的論述非常詳盡，天為陽，地為陰；有形為陰，無形為陽；男體為陽，女體為陰；陽氣由左而右順行，陰氣由右而左逆行，既然如此，診斷治療若不分男女，在醫理上不就自相矛盾了嗎？
(三)脈象不明
中醫對於脈象的論述非常多，各家各派各有不同說法，內經中關於診脈的記載也不少，例如「脈之小大、滑澀、浮沉，可以指別。五臟之象，可以類推。」，「脈者血之府也，長者氣治，短則氣病，數則心煩，大則病進」，「春脈如絃，夏脈如鈎，秋脈如浮，冬脈如營」，「人有三部，部有三候，以決生死，以處百病，以調虛實，而除邪疾」，「上工救其萌芽，必先見三部九候之氣，盡調不敗而救之」，在「望、聞、問、切」四種診斷病情的方法中，雖然不能單靠把脈就斷言病症(因為四經一體會相通而出現假象)，但脈象確實是診斷病情最重要的一項根據，若要施以針刺治療更是不可或缺的氣脈虛實唯一指標。
天、地、人各有三陰三陽六氣，人存乎天地之間，三陰三陽與天地之氣相應，化為人體手足十二經，氣行體表周身，內通六臟六腑(非五臟六腑)，而三部九候則是指探測十二經虛實的方法，也就是所謂脈象。但自古以來，對於寸、關、尺三部的寸口分配臟腑位置，在<<難經>>、<<脈經>>、<<景岳全書>>、<<醫宗金鑑>>等典籍中便各有差異，而且都不分男女，在理論上氣脈既有陰陽之分，人體也有男女之別，在陽氣順行，陰氣逆行的原則下，男女的氣脈循行方向應該是相反的才對，否則理論就不正確了。所以陰陽應象大論篇云：「善診者，察色按脈，先別陰陽。」其中所指陰陽，絕非僅指陰陽兩氣，而是將所有相關的陰陽變化分別清楚，然後才能依據診脈所得施予針刺治療，「從陰引陽，從陽引陰，以右治左，以左治右，以我知彼，以表知裡，以觀過與不及之理。」這些理論如果沒有與實際(精準的脈象)相配合，也只是空談罷了。
因為脈象不明，難以傳承，使得多數中醫師即使費盡苦心學習，也只是「心中了了，指下難明」，所以方老師才會用土法煉鋼的方式，逐步將十二經寸口的奧秘解開，歸納出男女各十二平脈，十二過旺，十二不足的六部十八候把脈新技法，簡單易懂，方便所有醫生學習。也許大家會懷疑這種創新未經驗證不足採信，不過有句話說「事實勝於雄辯」，以方老師所研究的「十二經陰陽氣脈病理療法」中，最粗淺的<<痠痛經穴療法>>流傳至今已十三年歷久不衰，在痠痛治療上分男女、左右、虛實各有不同治法，徹底將陰陽理論實踐於經穴治療中，其立竿見影之效足以證明他的研究是正確的，遑論他也是經過長期服務許多深受病痛折磨的患者，獲得無數臨床印證的機會，證實他所改革的六部十八候新脈診法正確無誤，因為它的脈象若不準確，整套「十二經陰陽氣脈病理療法」就不可能對患者有幫助，理論與實際一定要達成一致，才能令人心服口服。
(四)五行生剋錯誤
中醫最常拿來論斷病情的理論就是五行的生剋，這卻也是目前中醫所犯的最大錯誤，為什麼這樣說？大家都知道五行是金、木、水、火、土，在醫理上屬金的有手陽明大腸經與手太陰肺經，屬木的有足少陽膽經與足厥陰肝經，屬水的有足少陰腎經與足太陽膀胱經，屬土的有足太陰脾經與足陽明胃經，但
火則分為君火與相火，屬君火的有手少陰心經與手太陽小腸經，屬相火的則是手少陽三焦經與手厥陰心包經，也就是說五行也各有陰陽的分別，那麼在論生剋關係時，應該也要分成陰陽的分別，那麼在論生剋關係時，應該也要分成陰陽兩組體系才會準確，不能一概而論。
所以方老師將五行分陰陽後，相生與相剋的關係列成以下關係：
六氣五行相生
六氣五行相剋
在生剋關係中最重要的一點是君火只論相生不相剋，因為人體的心臟是生命的根本，不分四季，不論何時，都以一定的規律在運作，它當然也需要氣血供應，故有相生，除非它本體衰竭，如果一國的君主受臣下剋制，就代表國家即將滅亡。
內經有關五行生剋的論述幾乎都是論臟不論腑，所以才有「五臟應四時」、「五味入五臟」、「五臟化五氣」等論說，僅有靈蘭秘典論篇提到「十二臟之相使」，簡單將人體六臟六腑之分工合作，以一國之君主與臣僚關係做比擬，雖說習醫之人要有舉一反三，「以我知彼，以表知裡」的聰明才智，但這世上畢竟凡人多聖人少，能照本宣科將經典理論深記腦中已經很不錯了，管它五臟六腑是否少論了一臟，十二經歸十二經，現代中醫在診治患者時都是憑症狀靠驗方，連使用針灸也都是死記經驗穴位，誰會真正去瞭解醫理根據？像方老師這種赤腳大夫所提出的論述，不知能起多少回應？
(五)不懂六氣原理
雖然方老師非醫界中人，十多年來靠著<<痠痛經穴療法>>與<<疼痛對應療法>>的「手痛醫腳，腳痛醫手」的獨特手法，其當場見效，好到近乎神奇的治療效果，在醫界與一般民眾間廣為流傳。
曾有本身是西醫，後又研習中醫與西方的自然療法，在國內推廣另類療法的某醫師，他在著作中舉方老師與醫生學生的著作權糾紛為例，評論那是因為西醫不懂中醫，才會拜一位小學畢業的針灸師為師，他認為方老師宣稱獨創的「手痛醫腳，腳痛醫手」的<<痠痛經穴療法>>，不過是中醫最粗淺的「上病下取」，不足為奇。
在內經中，對於手少陽三焦經的功能論述並不多，靈蘭秘典論篇有云：「三焦者，決瀆之官，水道出焉。」意指水道的疏通與否取決於三焦。因為內經幾乎都是論臟論腑，論病也是以五行生剋為主，形成凡事都以「五」之術而論，如五臟、五行、五色、五味、五音等，雖然有關三陰三陽六氣的論述也不少，卻都以厥陰、少陰、太陰，少陽、陽明、太陽而論，並未清楚的說明十二經之氣因過旺與不足所產生的疾病，因此三焦就被分解為上焦、中焦、下焦，且中醫所認為的人體上、下之別，是肚臍以上稱為上，肚臍以下稱為下，所謂「上病下取」指的是陽為上，陰為下，若上病則取之於下，若下病則取之於上，但方老師的「手痛醫腳，腳痛醫手」，運用的是六氣上下相通原理，是以手經治足經，以足經治手經，與「上病下取」的意思差了十萬八千里，只能說那位推廣另類療法的西醫也和一般的中醫一樣，不懂六氣原理，誤將馮京當馬涼。
因為古文有許多同義字，如太與大，少與小，以致後人容易誤解經文含意，三陰三陽六氣中，一陰為厥陰，二陰為少陰，三陰為太陰；一陽為少陽，二陽為陽明，三陽為太陽，按照排列與字義，中醫將太陰與太陽視為最大的陰氣與陽氣，所以醫聖張仲景的傷寒論才會以太陽辯證論為主，但根據方老師對經脈醫學的研究，人體中真正的巨陰為厥陰，真正的巨陽為少陽，這兩條經脈氣的過旺與不足，才是造成人體寒熱的主因，所以傷風感冒發燒時，只要「謹察陰陽所在而調之」，便能迅速退燒。
目前中醫空有十二經的架構，不懂六氣原理，施針不但沒有配合脈象，反而全部以穴道的作用當作教材，讓中醫學生死記應用穴位，這種醫術正如佛家所言，是「不究竟之法」，如何正行無疑？
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