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葉氏一生忙於診事，在世沒有親筆著述。現傳有《臨證指南醫案》十卷，後附《幼科心法》及《溫熱論治》各一卷；《葉天士醫案存真》三卷。據載都是他的門人和後代整理記錄的。其中《溫熱論治》是葉氏口傳心授經驗心得，為臨床經驗的結晶，是溫病學說中一部非常重要珍貴的文獻。全篇主要論述溫病感受途徑、傳變規律、治療大法和衛氣營血辨證作為溫病診治綱領以及舌、齒、斑疹等的辨析方法及其診斷意義，並論婦人胎前產後、經水適來適斷之際所患溫病的證候和治療。據傳是他的門人顧景文隨葉氏舟游洞庭湖時，將其口授之說記錄而成。《臨證指南醫案》則是無錫華岫雲收集葉氏晚年醫案，加以分類編輯而成。分疾病八十九門，每門由其門人撰附論治一篇，門後附徐靈胎評議。卷一至卷八記載內科之雜證、時證案；卷九為婦科；卷十為兒科；書末附所用方劑索引。《幼科心法》相傳為葉桂手定後，章楠改題為《三時伏氣外感篇》，主要論述兒科諸病的辨證論治，尤其闡發了春時、夏令伏氣外感和秋燥之證治。《葉天士醫案存真》是葉氏曾孫葉萬青，取家藏方案編成，卷一以雜病為主；卷二以溫熱病案為多；卷三為運用仲景方驗案。另有門人周仲開抄錄而成的《未刻本葉氏醫案》等。另外，託名葉氏的醫案和著述頗多，可考的有《景嶽發揮》、《葉氏醫衡》、《醫效秘傳》、《本事方釋義》、《女科症治》等等。
葉天士在中國醫學發展史上，是一位貢獻非常卓越的醫學家，他創立的溫病衛氣營血辨證論治綱領，為溫病學說理論體系的形成奠定了堅實的基礎；他對雜病提出的許多新見和治法方藥，至今在臨床上仍有重要的指導意義和實用價值。
在明清以前，論治外感熱病皆宗傷寒，自吳又可出始將傷寒與溫疫明確鑒別開，可惜他把溫疫與廣義的溫病等同認識，混為一談，因此他對溫病學理論體系的建立只起先導作用。葉氏則首次闡述了溫病發生發展規律。他明確提出"溫邪"是導致溫病的主因，突破了傳統的"伏寒化溫"的認識範圍，徹底擺脫了熱病皆傷寒的束縛，這就從根本上劃清了溫病與傷寒的界限。葉氏接受吳又可邪從口鼻而入的觀點，概括新感溫病的受邪途徑是"溫邪上受，首先犯肺"，其傳變規律為邪如不外解，可由肺衛順傳陽明或逆傳心包，這與傷寒之邪按六經傳變不同。特別是"逆傳心包"理論，是對溫病傳變規律認識的一大創見，亦是對《傷寒論》六經傳變理論的一大突破，如葉氏認為神昏譫語不單單是按《傷寒論》所說由燥屎所致，更重要的是因"邪入心包"，故立法以清營清宮為主，選"三寶"和犀角、金汁、竹葉之類。因此其意義不僅僅在於是理論上的重大突破，更重要是為溫病危重急症的治療獨闢蹊徑，拯救了眾多垂危病人的生命。葉氏在對溫病整體認識基礎上，創立了衛氣營血辨證論治理論體系，他指出溫病的病理變化主要是衛氣營血的病機變化。其各自證候表現為：邪在衛分則見發熱、微惡風寒、無汗或少汗、頭痛、咳嗽、口渴、脈浮數等肺衛證；邪在氣分則見身熱、汗自出、不惡寒、反惡熱、口渴欲飲、苔黃燥、脈滑數等裏熱證；邪入營分則見煩躁不安，夜甚不寐、斑疹隱現、舌質紅絳等熱損營陰和心神被擾證；邪在血分則見身熱、吐血、衄血、便血、斑疹透露、舌質深絳等熱盛動血證。提出"衛之後方言氣，營之後方言血"的傳變順序規律，並據此確立了"在衛汗之可也"，治宜辛涼透解；"到氣才可清氣"，治宜辛寒清氣；"入營猶可透熱轉氣"，治宜清營泄熱，藥用"犀角、玄參、羚羊角等物"；"入血就恐耗血動血，直須涼血散血"，治宜涼血活血、清熱解毒，藥用"生地、丹皮、阿膠、赤芍等物"的溫病治療大法。可見，葉氏的衛氣營血理論，與仲景以營衛解釋風寒表證病機，並作為調和營衛辛溫解表的立法依據，用氣血來解釋部分病證的病位元、病機的意義很不相同，與《內經》只提出衛氣營血的概念、功能，更是理論上質的飛躍。
葉氏在創立衛氣營血辨證體系的同時，還豐富和完善了辨舌驗齒、辨斑疹白PEI的溫病診斷方法；補充了東垣脾胃論詳於脾而略於胃的不足；他對內科、外科、婦科、兒科、五官、護理等方面創見也頗多、貢獻很大；他還十分善於運用古方，如程門雪說"天士用方，遍采諸家之長，不偏不依，而于仲師聖法，用之尤熟。"他的許多治法藥劑，經吳鞠通整理成為廣傳後世的效驗名方。
葉氏生平雖無親筆著述，但其臨證醫案，辭簡理明、"無一字虛偽，乃能徵信于後人。"在醫學教育方面，葉氏培育成不少能濟世活人的名醫，他的諸多反映其獨到經驗和深邃醫理的名言，對後學仍有很大的啟迪意義。葉氏以其"立德、立功、立言"的為醫最高境界，而深受廣大醫家景仰，他的學說，在二百多年的不斷發展中，形成一個重要而有特色的醫學流派--"葉派"，在近代醫學史上閃爍著燦爛的光彩。百余年間，私淑葉氏者很多，最著名的有吳塘、章楠、王士雄等。葉天士的兒子葉奕章、葉龍章都善醫，但被父親的名聲所掩蓋；他的孫子葉堂、葉堅，曾孫葉萬青等3人則轉習儒業。葉氏的學術不能很好地傳給自己的子孫後代，但卻廣泛地流傳在人間。
當然，葉氏同歷史上所有的偉大醫學家一樣，難免有其不足。如葉氏所題"踏雪齋"以與薛生白題"掃葉莊"的門匾相詆，則難避同行相嫉，門戶之爭之嫌；葉氏雖學驗巨豐，但受他"不欲以醫傳世"的思想影響，生平除部分醫案和簡短的口述溫病學說外，無親筆著作，致使其許多的學術思想精華和臨床經驗失傳，而有些傳世的學術論點又零散殘存在有限的醫案中，缺少完整性理論論述；另有些學術論點又存在前後矛盾之處等。但是小疵不掩其大醇，葉氏作為一位中國醫學發展史上的偉大溫病學家，作為精通內科、兒科及婦科、外科、五官科的醫學大師，以其卓越的醫學思想、高超的醫技和豐富的臨床經驗而流芳百世。
